Det heter seg at det ikke er lett å se skogen for bare trær. Like vanskelig kan det være for forskere å se hele embryoet for bare celler.
Nå har forskere laget et nytt kartleggingsverktøy, som kan gjøre jobben litt lettere. Xiaojie Qiu og kollegaer ved Stanford University i USA har sammen med bioteknologiselskapet BGI i Kina utviklet verktøyet Spateo, som digitalt kan rekonstruere et komplett museembryo under organdannelsen, og vise embryoet som et hologram. Resultatet er et detaljert tredimensjonalt kart over de rundt 7,8 millioner cellene i museembryoet der hver celle er markert som en prikk i kartet.
Verktøyet kan hjelpe forskere å forstå og undersøke forskjellige biologiske nivåer samtidig. De kan se på genuttrykk i enkeltceller og visualisere deler av, eller hele organer, som hjertet, eller se på hele embryoet i en sammenhengende modell.
Verktøyet bruker data fra romlig transkriptomikk, en relativt ny metode som kombinerer transkripsjonsdata (informasjon om genuttrykk) i enkeltceller med posisjonsdata, informasjon om hvor cellen befinner seg i embryoet. Slik kan man bygge celleatlas, kart over cellene i et vev, organ eller en organisme. Ved å inkludere og koble data fra to tidspunkter i embryoutviklingen, kunne forskerne også studere hvordan celler spesialiseres og forflytter seg i embryoet over tid, og hvordan celler samarbeider om å danne organer.
Spateo kan også brukes til å lage modeller av menneskelige embryoer. Forskerne tror at verktøyet kan bidra til ny kunnskap om normal utvikling og utviklingsforstyrrelser i fosterlivet.
Kilder:
Qiu. Cell (2024) doi.org/10.1016/j. cell.2024.10.011
Nature. doi.org/10.1038/d41586-024-03615-8
